Sejak tahun 2000 Bapepam bersama dengan pihak pihak lain yang terkait, terlibat secara aktif dalam berbagai kegiatan yang bertujuan mendorong penerapan prinsip-prinsip Good Corporate Governance kepada semua pelaku pasar di Pasar Modal Indonesia mengingat penerapan prinsip-prinsip Good Corporate Governance  yang baik merupakan salah satu faktor yang mampu membangun dan mewujudkan pasar modal yang sehat.  Partisipasi secara aktif ini diwujudkan dalam keanggotaan Ketua Bapepam dan Kepala Biro Standar Akuntansi dan Keterbukaan dalam Komite Nasional Good Corporate Governance.

Salah satu upaya Bapepam untuk menerapkan prinsip-prinsip Good Corporate Governance, adalah dimasukkannya klausul yang mewajibkan Emiten/Perusahaah Publik untuk memiliki komisaris independen, direktur independen, komite audit, dan sekretaris independen dalam RUU Pasar Modal. Meskipun sampai saat ini peraturan tersebut belum berlaku efektif, namun sebagian besar emiten/perusahaan publik telah menjalankannya. Hal ini disebabkan karena Bursa Efek Jakarta telah mengeluarkan peraturan yang mewajibkan perusahaan-perusahaan yang tercatat di Bursa tersebut untuk memiliki komisaris independen dan komite audit. Berdasarkan data Bursa Efek Jakarta, pada tahun 2002 tercatat sebanyak 257 Emiten/Perusahaan Publik telah memiliki Komite Audit dan sebanyak 314 Emiten/Perusahaan Publik telah memiliki komisaris independen.

Bapepam bekerjasama dengan Direktorat Jenderal Pajak, Bursa Efek Jakarta, Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan, dan Komnas Good Corporate Governance  telah mengadakan Lomba Laporan Tahunan (Annual Report Award) bagi perusahaan-perusahaan di Indonesia. Tujuan diadakannya lomba ini adalah untuk mendorong penerapan prinsip-prinsip Good Corporate Governance bagi perusahaan-perusahaan di Indonesia. Peserta lomba  tidak terbatas pada Emiten atau Perusahaan Publik, dan sebagai juara pertama dalam kegiatan ini adalah PT Asuransi Bintang Tbk.