Pada tahun 2000 beberapa indikator bursa mengalami penurunan dibandingkan dengan tahun sebelumnya. Total nilai perdagangan di BEJ mengalami penurunan sebesar 16,98% dari Rp 147,88 triliun pada tahun 1999 menjadi Rp. 122,77 triliun di akhir tahun 2000. Rata-rata nilai perdagangan per hari juga mengalami penurunan, yaitu dari Rp. 598,70 miliar pada tahun 1999 menjadi Rp. 513,70 milliar di tahun 2000 atau mengalami penurunan sebesar 14,20%.

Di akhir tahun 2000 Indeks Harga Saham Gabungan (IHSG) di BEJ ditutup pada posisi 416,32, jauh dibawah index penutupan di tahun 1999 yang berada pada posisi 676,91. Meskipun demikian, indeks terendah tahun ini yang berada pada posisi 404,11 masih lebih tinggi dibandingkan dengan indeks terendah tahun sebelumnya yakni pada posisi 372,31. Indeks mencapai titik tertinggi pada angka 703,48. Nilai kapitalisasi pasar yang tercatat di BEJ mengalami penurunan 42,54% dari 451,815 trilliun di tahun 1999 menjadi Rp. 259,621 triliun di tahun ini.

Namun demikian, porsi nilai perdagangan pemodal lokal sampai dengan akhir tahun mengalami peningkatan, yaitu mencapai 79,81% dibandingkan dengan posisi tahun sebelumnya sebesar 65,02%.

Total nilai perdagangan di BES sampai dengan akhir tahun 2000 mencapai Rp. 9,985 triliun, atau menurun sebesar 24,35% dibandingkan dengan tahun 1999 yang mencapai Rp. 13,199 triliun. Rata-rata nilai perdagangan per hari mencapai Rp. 41,4 miliar pada tahun 2000, menurun 22,48% dibandingkan tahun 1999 yang mencapai Rp. 53,4 miliar.

Indeks Harga Saham Gabungan (IHSG) di BES mencapai titik tertinggi pada angka 569,84 dan mencapai titik terendah pada angka 262,88 serta ditutup di akhir tahun pada angka 267,63 yang lebih rendah dibandingkan indeks penutupan tahun sebelumnya pada angka 566,57. Nilai kapitalisasi pasar yang tercatat di BES sampai dengan akhir tahun mencapai Rp. 225,80 triliun atau menurun sebesar 80,57% dibandingkan nilai kapitalisasi tahun sebelumnya yang mencapai Rp. 407,72 triliun

Meskipun di tahun 2000 situasi perekonomian masih kurang menguntungkan, akan tetapi tahun tersebut mempunyai arti tersendiri bagi Pasar Modal Indonesia karena pada tanggal 11 Juli 2000 sistem perdagangan tanpa warkat (scripless trading) mulai diterapkan. Dengan diterapkannya sistem tersebut maka arus perpindahan efek dan dana menjadi lebih efisien dan efektif sehingga likuiditas perdagangan saham akan meningkat. Selain itu, sistem tersebut dapat mengurangi risiko dalam perdagangan saham seperti saham hilang, saham rusak, atau pemalsuan saham.

Perubahan sistem perdagangan di bursa juga harus didukung dengan adanya peraturan yang memadai. Untuk itu, beberapa peraturan baru maupun perubahan peraturan Bursa telah disetujui oleh Bapepam seperti perubahan peraturan perdagangan dan pencatatan bursa. Dalam hal perubahan peraturan perdagangan, Bapepam telah menyetujui perubahan peraturan BEJ tentang penerapan multi fraksi harga di bursa, sistem dua-papan perdagangan dan perubahan biaya transaksi. Sedangkan dalam hal peraturan pencatatan, Bapepam telah menyetujui perubahan peraturan BEJ tentang pendaftaran saham atau waran perusahaan tercatat dalam penitipan kolektif PT. Kustodian Sentral Efek Indonesia dalam rangka imobilisasi.

Bapepam juga telah menyetujui perubahan peraturan BEJ tentang ketentuan umum pencatatan efek bersifat ekuitas dan ketentuan tentang persyaratan dan prosedur pencatatan saham di bursa.

Pada tanggal 3 Juli 2000, BEJ bekerja sama dengan Danareksa Investment Management telah meluncurkan Jakarta Islamic Index (JII). Indek ini terdiri dari 30 saham yang memenuhi prinsip Syariah Islam.

Indeks Harga Saham Gabungan BEJ dan BES Tahun 2000