Sebagai upaya untuk mewujudkan kepastian dan keamanan penyelesaian Transaksi Bursa, Bapepam menerbitkan peraturan nomor III.B.6 tentang Penjaminan Penyelesaian Transaksi Bursa.

Dalam peraturan tersebut PT Kliring Penjaminan Efek Indonesia (KPEI) sebagai Lembaga Kliring dan Penjaminan (LKP) wajib seketika dan langsung mengambil alih tanggung jawab Anggota Kliring yang gagal memenuhi kewajibannya berkaitan dengan kewajiban penyelesaian Transaksi Bursa. Di samping itu, KPEI wajib pula bertanggung jawab terhadap kerugian yang timbul sebagai akibat keterlambatannya dalam menyelesaikan Transaksi Bursa yang dijaminnya. Sumber dana dari penjaminan yang dilakukan oleh KPEI tersebut diperoleh dari dana jaminan.

Sebagai landasan hukum bagi dibentuknya dana jaminan tersebut, Bapepam mengeluarkan peraturan III.B.7 tentang Dana Jaminan. Dana jaminan ini merupakan salah satu sumber dana yang digunakan untuk menjamin kelancaran penyelesaian Transaksi Bursa jika sumber keuangan Anggota Kliring dan LKP tidak mencukupi. Peraturan tersebut akan diberlakukan tiga tahun sejak dikeluarkan.

Sebagai pelaksanaan peraturan tersebut, Bapepam telah menyetujui peraturan KPEI tentang Dana Jaminan dan Cadangan Jaminan. Selain itu, Bapepam juga telah menyetujui peraturan Perjanjian Jasa Kliring dan Penjaminan Penyelesaian Transaksi Bursa tanpa Warkat (Perjanjian Keanggotaan Kliring KPEI). Peraturan tersebut menjadi landasan hukum bagi perjanjian penyelenggaraan kegiatan penyelesaian transaksi bursa tanpa warkat antara PT. KPEI dengan PT. Kustodian Sentral Efek Indonesia (PT. KSEI) , KPEI dengan BEJ dan KPEI dengan BES.

Pada tahun 2000, KPEI telah berhasil mengembangkan sistem pelaporan Modal Kerja Bersih Disesuaikan (MKBD) bagi Perusahaan Efek. Sistem ini digunakan untuk memonitor data MKBD yang dikirim setiap hari secara elektronik kepada Bapepam, Bursa dan KPEI dalam memenuhi kewajiban MKBD dari Perusahaan Efek kepada Bapepam, Bursa Efek, maupun Lembaga Kliring Penjaminan sesuai Peraturan Bapepam Nomor V.D.5 tentang Pemeliharaan dan Pelaporan Modal Kerja Bersih Disesuaikan.