Sejalan dengan upaya meningkatkan kinerja bursa efek, Bapepam menyempurnakan prosedur pemilihan komisaris dan direktur bursa efek agar diperoleh pengurus yang handal seperti yang tertuang dalam penyempurnaan peraturan No.III.A.3. Perubahan peraturan tersebut ditindaklanjuti dengan perubahan Anggaran Dasar BEJ dan BES, khususnya mengenai ketentuan yang menyangkut Komisaris dan Direksi.

Pemilihan pengurus BEJ yang terpilih pada bulan April 1999 diikuti dengan langkah penyesuaian struktur organisasi BEJ sejalan dengan pembagian tugas dan tanggung jawab masing-masing Direktur yang diatur lebih rinci pada peraturan yang baru disempurnakan.

Dalam perkembangan lainnya, usulan Tim Pengkajian Merger BEJ dan BES yang dibentuk oleh Anggota Bursa, tentang penyatuan kegiatan usaha BEJ - BES telah ditolak dalam Rapat Umum Pemegang Saham Luar Biasa (RUPSLB) PT BES pada tanggal 26 Mei 1999. Dan sebagai tindak lanjutnya, kedua bursa sepakat untuk melakukan pembagian segmentasi pasar dan telah disetujui oleh Bapepam pada tanggal 15 September 1999. Pada prinsipnya, segmentasi tersebut mencakup 4 hal pokok, yaitu: saham perusahaan bukan pertambangan, saham perusahaan pertambangan, derivatif, dan obligasi.

Pemilihan direksi BES telah dilaksanakan pada tanggal 28 Oktober 1999 dan sekaligus diikuti oleh perubahan struktur organisasinya. Bapepam telah menyetujui permintaan dispensasi jumlah Direktur BES, yaitu hanya berjumlah 3 (tiga) orang dengan alasan efisiensi, meskipun peraturan Bapepam mewajibkan sekurang-kurangnya 5 (lima) orang.

Dalam bidang peraturan, Bapepam menyetujui Peraturan Pencatatan dan Peraturan Lelang Saham BEJ serta peraturan perdagangan BEJ dan BES tentang Perdagangan Hak Memesan Efek Terlebih Dahulu Dengan Warkat Secara Imobilisasi. Bapepam juga menyetujui perubahan atas satuan perdagangan saham di BEJ untuk sektor perbankan dari semula 500 saham menjadi sebesar 5.000 saham untuk satu satuan perdagangan (lot). Hal ini dilakukan akibat meningkatnya kegiatan perdagangan khususnya saham sektor perbankan.

Bapepam, BEJ, dan BES telah menyetujui konsep peraturan Penggabungan dan Peleburan Perusahaan Tercatat. Selain itu Bapepam dan BES sedang membahas secara intensif peraturan untuk perusahaan pertambangan, kontrak berjangka. Demikian pula BES sedang melakukan pengkajian kemungkinan koperasi bisa tercatat di bursa efek.

Di samping itu, Bapepam juga sedang membahas peraturan tentang Securities Transfer yang mengatur penanganan Efek hilang, dicuri atau rusak, dan Pihak yang bertanggung jawab atas kerugian tersebut.

Dalam hal pengawasan perdagangan, selain dilakukan pemantauan secara real-time, Bapepam juga menghimbau bursa efek mewaspadai diperdagangkannya saham yang dinyatakan hilang atau rusak. Bapepam juga aktif memantau administrasi Efek dari Emiten yang telah didelisting dan Perusahaan Publik yang tidak mencatatkan Efeknya di bursa efek.