Pasar Modal Indonesia mulai bergairah pada triwulan II tahun 1999, yang ditandai dengan adanya peningkatan nilai transaksi di bursa. Suksesnya Sidang Umum MPR pada bulan Oktober 1999 ikut mendorong terjadinya rekor transaksi tertinggi pada tanggal 20 Oktober 1999 di mana volume perdagangan saham di BEJ mencapai 4,602 miliar unit saham dengan nilai Rp3,13 triliun. Hal ini jauh lebih tinggi dari rata-rata nilai perdagangan normal sebesar Rp0,599 triliun per hari.

Jumlah Emiten yang melakukan Penawaran Umum selama tahun 1999 meningkat sebesar 117,39% dibandingkan tahun sebelumnya, yaitu dari 23 perusahaan pada tahun 1998 menjadi 50 perusahaan pada tahun 1999. Sebagian besar Emiten yang melaksanakan Penawaran Umum tersebut bertujuan untuk memperbaiki struktur keuangannya terutama penyelesaian masalah hutang.

Perkembangan Reksa Dana pada tahun 1999 ditandai dengan penerbitan 4 Reksa Dana baru walaupun sebaliknya juga terjadi likuidasi 4 Reksa Dana, sehingga jumlah Reksa Dana sampai dengan akhir tahun tetap sebanyak 81 Reksa Dana. Likuidasi atas Reksa Dana tersebut disebabkan karena tidak terpenuhinya syarat-syarat tertentu seperti tidak adanya Bank Kustodian, Manajer Investasi, serta jumlah aset yang sudah tidak efisien untuk dikelola.

Dalam tahun 1999 perdagangan di BEJ juga mengalami peningkatan. Hal ini terlihat dari peningkatan Indeks Harga Saham Gabungan (IHSG) BEJ pada akhir tahun 1999 berada pada posisi 676,91, meningkat sebesar 70,06% dibandingkan IHSG yang dicapai pada akhir tahun 1998 pada posisi 398,03. Bahkan IHSG sempat mencapai posisi 716,46 pada tanggal 21 Juni 1999. Peningkatan IHSG tersebut dipengaruhi oleh stabilitas politik di dalam negeri sehubungan dengan suksesnya pemilu dan perkembangan di berbagai bursa di kawasan Asia.

Volume perdagangan di BEJ meningkat 97,36%, dari 90,62 miliar saham pada tahun 1998 menjadi 178,85 miliar saham pada tahun 1999. Selain itu total nilai perdagangan juga meningkat sebesar 48,38% dari Rp99,68 triliun pada tahun 1998 menjadi Rp147,91 triliun pada tahun 1999.

Selanjutnya di Bursa Efek Surabaya (BES), IHSG pada akhir tahun 1999 mencapai posisi 566,57 atau naik 61,18% dibandingkan pada akhir tahun sebelumnya pada posisi 351,51. Nilai perdagangan meningkat dari Rp3,12 trliun pada tahun 1998 menjadi Rp13,20 triliun pada tahun 1999.

Dalam rangka persiapan perdagangan tanpa warkat serta penyelesaian dengan sistem pemindahbukuan, Bapepam telah menyetujui beberapa peraturan PT Kliring Penjaminan Efek Indonesia (KPEI) dan PT Kustodian Sentral Efek Indonesia (KSEI) yang mengatur tentang Kliring, Penjaminan, dan Penyelesaian Transaksi Bursa Tanpa Warkat, sekaligus layanan jasa penitipan kolektif Efek bersifat ekuitas.

Sebagai langkah awal menuju penyelesaian transaksi dengan sistem pemindahbukuan, Bapepam bersama dengan KPEI dan KSEI menerbitkan peraturan pelaksanaannya dan telah melakukan sosialisasi dan pelatihan sistem imobilisasi saham. Dalam tahun 1999 terdapat 27 Emiten penerbit HMETD yang sudah terdaftar dalam penitipan kolektif.

Sehubungan dengan pengkajian efektifitas keberadaan dua bursa, Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) BES pada tanggal 26 Mei 1999 telah memutuskan untuk membatalkan rencana penggabungan BES dan BEJ. Bapepam menyetujui permohonan kedua bursa untuk melakukan pembagian segmentasi pasar, di mana BES akan berfokus pada Saham perusahaan pertambangan, derivatif, dan obligasi pemerintah.

Pada tahun 1999 Bapepam telah memberikan izin kepada 626 profesional baru sebagai Wakil Perusahaan Efek. Selain itu Surat Tanda Terdaftar (STTD) baru juga telah diberikan kepada 135 Profesi Penunjang Pasar Modal yang meliputi Akuntan Publik, Penilai, Konsultan Hukum, dan Notaris.

Di bidang penegakan hukum, dalam tahun 1999 Bapepam telah mencabut izin orang perseorangan, izin usaha, dan persetujuan bank kustodian berkaitan dengan pelanggaran peraturan. Bapepam juga mengenakan sanksi administratif berupa sanksi peringatan tertulis terhadap Emiten dan Perusahaan Efek, serta sanksi pembekuan kegiatan usaha terhadap Perusahaan Efek.

Dalam hal pengaturan, Bapepam telah merevisi tiga peraturan dan menerbitkan dua peraturan baru. Peraturan yang direvisi adalah Peraturan Nomor III.A.3 tentang Direktur dan Komisaris Bursa Efek, Peraturan Nomor V.D.4 tentang Pengendalian dan Perlindungan Efek yang Disimpan oleh Perusahaan Efek, dan Peraturan Nomor V.D.5 tentang Pemeliharaan dan Pelaporan Modal Kerja Bersih Disesuaikan. Sedangkan peraturan yang baru adalah Peraturan Nomor XIV.B.1 tentang Tata Cara Penagihan Sanksi Administratif Berupa Denda dan Peraturan Nomor V.D.7 tentang Pokok-pokok Ketentuan Perjanjian Pinjaman Subordinasi Perusahaan Efek.

Untuk memudahkan masyarakat dalam mengakses informasi pasar modal, Bapepam membangun website yang menginformasikan berbagai fitur seperti: profil Bapepam, hukum dan perundang-undangan, data dan statistik, publikasi, serta data terbaru mengenai perizinan, pendaftaran, persetujuan, dan pernyataan efektif. Selain itu juga disediakan email dengan alamat info@bapepam.go.id yang melayani pertanyaan masyarakat baik dari dalam maupun dari luar negeri.